华南师范大学东南亚研究中心为研究实体，中心设置学术委员会、常设领导机构。下设办公室、研究室、资料室等。
一、学术委员会
学术委员会委员主要是由学校校长、知名专家、教授、相关政府机构和企业界人士组成，主要工作是对中心的研究工作进行全面指导和监督。
学术委员会委员，约8-10人，由中心主任提名，中心超过2/3的专职研究人员选举同意确定。学术委员会委员每4年一次换届。学术委员会每年至少举行一次全体会议。顾问委员的增补，由主任提名，全体委员的2/3同意确定。
二、常设领导机构
东南亚研究中心设主任1名、执行主任1名、副主任2名。
中心主任由华南师范大学任命，中心主任应为在东南亚领域有相关研究和实践经历的著名学者，具有教授/研究员职称。中心主任一般不超过65岁，任期不少于3年。对任职期间连续出国或病(事)假4个月以上的主任，应及时调整。中心主任全面负责中心的具体工作，可行使下列职权：
1. 召集由副主任和办公室、研究室、资料室等人员参加工作会议；
2. 负责向教育部、华南师范大学领导汇报工作；
3. 负责联系与国内外东南亚研究相关机构、国内外著名学者的交流与合作；
4. 负责研究项目及课题的审定；
5. 负责政府部门的工作联络；
6. 组织实施工作计划。
中心执行主任、副主任由中心主任聘任，执行主任、副主任应具有高级职称，执行主任、副主任应协助主任做好中心的工作。
三、中心办公室
中心办公室设置核心人员3-5名，秘书1名，助理多名。
中心办公室核心人员由中心主任聘任。办公室秘书及助理由办公室核心人员同意确定，并报备中心主任批准。
中心办公室主要负责中心的服务支持。负责中心的文秘、联络、接待、会议管理、工作报告、资料管理等。
四、中心研究室
中心研究室设置项目主持人1名、研究人员若干名。
中心研究室支持人由中心主任聘任。研究人员由项目主持人自行组织，并报备中心主任批准。
中心研究室采用中心领导下主持人负责制，并以项目组的形式开展多项研究工作。研究室主持人主要负责：
1.组织项目研究团队，开展经由学术委员会、中心主任审核批准后全面运行、推动和执行项目活动；
2.定期向中心汇报项目工作进展情况；
3.负责项目论坛活动、项目研究和推广；
4.参与中心及其他项目组活动；
5.对内推动中心各项目组的交流与合作，对外形成国内外相关机构、研究人员全面合作的局面。
五、中心资料室
东南亚研究中心办公室设资料室负责人1名，管理人员1名。
资料室负责人和管理人员由办公室核心人员同意确定，并报备中心主任批准。
资料室主要职责是中外文图书、学位论文、期刊杂志、报刊、电子资料的管理和信息的提供，同时协助建设东南亚研究数据库，致力成为东南亚研究的全国资料信息基地。